農家肥不能與草木灰、石灰氮、石灰、鈣、鎂、磷肥等堿性肥料混用。人畜糞便中的主要成分是氮，與強堿性肥料混用，則會因中和而失效。

過磷酸鈣不能與草木灰、石灰氮、石灰、等堿性肥料混用，否則會降低磷的有效性。磷礦粉、骨粉等難溶性磷肥，也不能與草木灰、石灰氮等堿性肥料混用，否則會中和土壤內的有機酸類物質，使難溶性磷肥更難溶解，作物無法吸收利用。

鈣鎂磷肥等堿性肥料不能與銨態氮肥混施，堿性肥料若與銨態氮肥料如碳氫銨、硫酸銨、硝酸銨等混施，則會增加氮的揮發損失，降低肥效。

未腐熟的農家肥不能與硝酸銨混施，否則未腐熟的農家肥，在分解腐爛過程中氮素會受損失，降低肥效。

化學肥料不能與菌肥混用，化學化肥有較強的腐蝕性，揮發性和吸水性，若與根瘤菌等細菌肥料混合使用，會殺傷或抑制活性菌體，使菌肥失效。